常規賽分東、西部分區聯盟；東部：仙臺、新瀉、富山、埼玉、濱松東三河、2010-2011賽季東部新增一隊（秋田）、2011-2012賽季東部 新增四隊（岩手、長野、千葉、橫濱）、東京（2011-2012降級）共10支隊伍；西部：滋賀、大阪、高松、福岡、大分、琉球（沖繩）2009-10 賽季西部新增一隊（京都）、2010-2011賽季西部新增兩隊（島根）與（宮崎）共9支隊伍。每個隊伍參加52場常規賽，其中主、客場比賽數均 為26場；總比賽數達到494場比賽！每支球隊和分區內的球隊各交戰4次（部分球隊六次），其他分區的球隊各交戰2次（部分球隊四次）。 兩個分區聯盟前4位，共8個隊伍進入季後賽。分區半決賽采取混合對戰，第1位對第4位、第2位對第3位；進行兩回合的比賽。如果出現一 勝一負的情況，則進行第三場決勝賽。勝者進入分區決賽，分區決賽采取一場定勝負，在中立場地-東京有明體育場進行。最終各決出一支分區 冠軍參加總決賽；另外兩支隊伍參加季軍賽。總決賽和季軍賽同樣在中立場地-東京有明體育場進行並采取一場定勝負。